Ngoài 4 bàn thắng được công nhận, Bayern còn bị trọng tài cướp đi 2 quả penalty khi Gerard Pique và Alexis Sanchez để bóng chạm tay trong vòng cấm. Trong khi đó, Barca đã phải nhận 2 bàn thua oan vì sai lầm của trọng tài.
Những tình huống quay chậm sau trận đấu cho thấy Pique và Sanchez để bóng chạm tay trong vòng cấm. Tình huống đầu tiên diễn ra ở phút thứ 15. Trong một nỗ lực lấy thân mình cản phá cú sút của Lahm, Pique đã để bóng chạm tay. Dù các cầu thủ Bayern phản ứng nhưng trọng tài Viktor Kassai vẫn khoát tay cho trận đấu được tiếp tục.
Có lẽ trọng tài Kassai đứng ở một vị trí không thích hợp hoặc tình huống bóng diễn ra khá nhanh nên ông không cho Bayern được hưởng quả đá penalty. Nhiều ý kiến cho rằng, Kassai đã đúng vì Pique không cố ý khi đã chủ động khép tay vào sát người. Tuy nhiên, dù cố ý hay vô tình, trọng tài nên cắt còi và cho đội chủ nhà được hưởng một quả đá phạt 11m.
Tình huống Pique để bóng chạm tay ở phút 15
Ở một tình huống khác diễn phút thứ 32, cú đánh đầu của Dante đã chạm tay Sanchez trong vòng cấm của Barca nhưng vị vua áo đen người Hungaria tiếp tục bỏ qua khi cho rằng cầu thủ người Chile đã không chạm tay.
Tình huống Sanchez để bóng chạm tay ở phút 32
Trong khi Bayern bị trọng tài cướp trắng 2 quả penalty thì Barcelona còn đau khổ hơn phải nhận bàn thua thứ 2 và thứ 3 vì những quyết định sai lầm của trọng tài.
Gomez việt vị khi ghi bàn
Ở bàn thua thứ 3, Mueller đã phạm lỗi cản người không bóng với Alba. Cụ thể, dù đang theo kèm Robben nhưng đã bị Mueller cản lại. Có khoảng trống, Robben đã đi bóng và dứt điểm chính xác ở góc hẹp trong bối cảnh các hậu vệ Barca đã dừng cả lại vì cho rằng đó là một pha phạm lỗi.
Tình huống Alba bị phạm lỗi
